La monumentale Chiesa di San Francesco è destinata ad accogliere opere d’arte provenienti da altri importanti edifici ecclesiastici del territorio mercatellese fin dal 1926, anno in cui terminarono gli imponenti restauri avviati ad inizio secolo per restituire la primitiva semplicità francescana. 

Il  Museo di San Francesco, istituito nel 1977, presenta oggi un allestimento rinnovato che comprende l’interno complesso monastico, oggi destinato all’esposizione. Il percorso che si snoda in suggestivi spazi architettonici, è una sintesi delle testimonianze storico-artistiche prodotte nei secoli in questa straordinaria e ricca terra, presentando capolavori d’arte: affreschi, tavole, tele, avori, oreficerie, sculture, oggetti liturgici, oltre ad una sezione archeologica. Sono da segnalare i dipinti del XIV e XV secolo, fra cui la grande croce dipinta da Giovanni da Rimini ed il polittico del Baronzio, entrambi appartenenti alla scuola giottesca riminese.