Dans la cathédrale romano-gothique se trouve la crypte qui gardait les reliques du martyr Saint Crescentin depuis leur transfert à Urbino en 1068 de Città del Castello, une ville voisine, selon la volonté du Bienheureux évêque Mainard. Durant les travaux de la cathédrale durant la Renaissance, trois espaces à usage profane ont été aménagés dans les locaux correspondant à la zone située sous l’abside.

En 1501, sur concession du duc d’Urbino Guidobaldo I Montefeltro, se forma la confraternité de la Sainte Croix. Durant les vingt premières années du XVI° siècle, les salles ont été transformées en chapelles de la Naissance, Mort et Sépulture du Christ, construisant ainsi un itinéraire liturgique qui symbolisait le parcours des lieux de pèlerinage en Terre Sainte.

Durant les siècles suivants, les grottes ont acquis une autre ambiance. Et c’est sur un projet  de l’architecte Muzio Oddi que s’ajouta une chapelle dédiée à la Résurrection, terminant ainsi le parcours de dévotion dont les œuvres  d’art conservées ici sont un authentique témoignage. Le tremblement de terre de 1789 à provoqué la chute de la coupole de la cathédrale et l’écroulement du plafond de la chapelle située en-dessous. L’aspect actuel est dû à l’architecte chargé de la restructuration de la cathédrale, Giuseppe Valadier, qui en conçut la rénovation suivant le style néoclassique, avec un périmètre de colonnes en style dorique et un plafond en forme de voûte, le tout ponctué d’œuvres  en stuc représentant les Evangélistes et les emblèmes de la Passion. Vers 1597, le dernier duc d’Urbino Francesco II Maria della Rovere choisit ce lieu comme mausolée et commissionna le groupe de sculpteurs qui aurait dû orner le sépulcre; mais sa mort à été précédée par celle de son fils Federico Ubaldo. La « Pietà »  en marbre et en pierre fut utilisée pour la tombe de ce dernier, la sculpture est une œuvre  de l’artiste florentin Giovanni Bandini (1540-1599).

L’Oratoire des Grottes, subdivisé en quatre chapelles qui ne présentent plus l’ordre liturgique original, est partie intégrante du musée diocésain Albani, abritant une partie de la collection. Le parcours d’exposition respecte ce lieu de culte et de piété, se propose comme un centre d’expositions temporaires, incluant aussi celles d’art contemporain. L’itinéraire liturgique se conclut avec le mont du Calvaire à l’intérieur duquel le groupe de sculpteurs était originalement posté, se trouve maintenant devant le Golgotha, racontant ainsi la Complainte du Christ mort. Cette œuvre  à été réalisée par un atelier de l’ Emilie-Romagne durant la seconde ou troisième décennie du XVI° siècle, exprimant la participation personnelle du fidèle à l’ « Expérience du Sépulcre » et s’insère dans la tradition séculaire des représentations sacrées qui organisent la vie liturgique des communautés chrétiennes depuis le Moyen-Age.